1966년 학교법인 대성학원 이사장 김신옥 목사가 신학 연구차 미국으로 유학하여 수학하던 중 1969510. 국제포스퀘어교회 총회장 롤프 맥퍼슨(Rolf K. McPherson)박사와 해외선교 총무 렐란드 에드워드(Leland B. Edwards) 박사에게 청소년선교를 위해 선교사 파송을 요청하였고,

196992일 필리핀에서 사역 중이던 탐슨 선교사 부부(Arthur & Evelyn Thompson)를 한국 감독으로 파송하였다. 탐슨 선교사 부부는 대성학원 산하의 6개 중,고등학교 학생들을 대상으로 선교사역을 시작하였고 19703월 대전시 중구 선화동 339-59번지에서 성인예배를 시작하였다.

1970730일 김신옥 목사가 미국 유학을 마치고 귀국하였고, 1971316일 대전시 중구 용두동 143-4번지 등 대지 2,000평을 매입하였고, 197145일 천막교회(대전복음교회)를 설립하였으며, 19711018일 재단법인 대한예수교 복음선교회를 설립허가 신청하여 197221일 문화공보부 장관으로부터 재단법인 대한예수교 복음선교회 (The Church of the Foursquare Gospel in Korea) 설립허가를 받았다. (문공부허가 제237, 종무 1-75).

19723월 대전시 중구 용두동 143-4번지에 대한복음신학교를 설립하여 신학생 양성을 시작하였고, 1972910일 대전복음교회 1248평을 완공하게 되었으며, 1972115일 탐슨 선교사 부부가 본부로 귀국하고, 일본의 감독이었던 멧첼(Harold A. Muetzel) 선교사가 대한예수교 복음선교회 제2대 감독으로(겸직) 부임하였다. 197341일에 김신옥 목사가 대전복음교회 담임목사로 취임하였고, 1973717일 마이어스(Meryers) 선교사 부부가 협동 선교사로 부임하였다.

1976111일 대한복음신학교 1회 졸업생들에 의해서 수정복음교회 (대전시 서구 도마동)와 중앙복음교회(서울 강남구 삼성동)가 창립되었다. 197825일 멧첼 선교사 부부가 본부로 귀국하고 197856일 콘래드(Helen Pat Conrad)가 협동선교사 부임하였으며, 1978714일 마이어스 선교사가 제3대 감독으로 취임하였다. 19783월에 서울 지역 신학생 양성을 위해서 서울 중앙복음교회 내에 대한복음신학교 서울 분교를 설립하였다.

1984528-30일까지 대전복음교회에서 제1차 연차총회를 개최하여 교단 헌법을 제정하고 대한예수교복음선교회 총회를 구성하였으며, 198556-8일 제2차 연차총회에서 총회 정치제도를 감독제에서 총회장 제도로 바꾸기로 헌법을 개정하여 김신옥 목사를 제1대 총회장에 선출하였으며, 198768-10일 제4차 연차총회에서 김신옥 목사가 2대 총회장으로 연임되었다. 1989710-12일 제6차 연차총회에서 최부영 목사(동대전복음교회)가 제3대 총회장에 선출되었고, 199163-5일 제8차 연차총회에서 최부영 목사가 제4대 총회장으로 연임되었으며, 1993531- 62일 제10차 연차총회에서 오창도 목사(중앙복음교회)5대 총회장에 선출되었고, 1995612-14일 제12차 연차총회에서 오창도 목사가 제6대 총회장에 연임되었다.

19961026일 학교법인 복음신학원 설립허가(교육부 제81421-380)를 받았고, 1997125일 복음신학대학원대학교 설립 허가(대학 제81411-1464)를 받아 19983월 복음신학대학원대학교를 개교하게 되었다. 이제까지 무인가 신학에서 교육부 인가를 받아 정식 대학원대학교를 설립함으로 목회자 양성에 박차를 가하게 되었다.

1997513-15일 제14차 연차총회에서 이창우 목사(수정복음교회)를 제7대 총회장에 선출하였으며, 19971014일 특별총회를 개최하여 교단 명칭을 대한예수교복음선교회에서 대한예수교복음교회로 개명하였으며, 19971223일 문화체육부로부터 명칭 변경에 따른 정관변경 허가를 받았다. (문화체육부 종무 86210-1095).

1998922-25. 18차 세계오순절 서울대회의 준비교단으로 참여하였으며, 19991011-13일 제16차 연차총회에서 이창우 목사가 제8대 총회장에 연임되었다. 20011015-17일 제18차 연차총회에서 임재군 목사(영광복음교회)를 제9대 총회장으로 선출하였고, 20031020-22일 제20차 연차총회에서 임재군 목사가 제10대 총회장에 연임되었다. 2005912-14일 제22차 연차총회에서 최충규 목사를 제11대 총회장으로 선출하였다. 2007917-19일 제24차 연차총회에서 이창우 목사를 제12대 총회장으로 선출하였다. 2009921-23일 제26차 정기총회에서 이창우 목사가 제13대 총회장에 연임되었다. 동년 1216일 교단창립 40주년 기념사업의 일환으로 대전시 서구 탄방동 634 주안에쉐르 204호에 총회본부를 마련하고 이전하였다. 2010926~28일 제27차 정기총회를 교단창립 40주년기념대회로 개최하였다. 2011926~27일 제28차 정기총회에서 안영권 목사(대전복음교회)를 제14대 총회장으로 선출하였다.

2013415일부터 18일까지 제주도에서 1회 북아시아 복음가족대회를 개최하였다. 국제포스퀘어교회 총회장 글렌 베리스(Glenn Burris), 선교담당 부총회장 짐 스캇(Jim Scott) 및 세계적인 리더십 강사 다니엘 브라운(Daniel A. Brown) 박사가 초청되었고, 한국을 비롯하여 일본, 중국, 대만, 홍콩, 몽골 지역의 200여 명의 목회자가 참석하였다. 2013930-101일 제30차 정기총회에서 안영권 목사가 제15대 총회장에 연임되어 교회의 부흥과 교단의 발전을 위하여 교회 개척을 지원하고, 목회자 가족 수련회와 예배인도자 학교 등을 확대 실시하여 목회자 가족의 자긍심을 높이고 교회마다 예배의 부흥을 경험하도록 지원하였다.

20151012~13일 제32차 정기총회에서 임춘수 목사가 제16대 총회장에 선출되었고, 교단의 화합과 발전을 위해 노력하여 청주와 세종지역 교회로 구성된 충청지방회가 신설되었다. 2017918~19일 제34차 정기총회에서 임춘수 목사가 제17대 총회장에 연임되었다. 2019930~101일 제36차 정기총회에서 정인석 목사가 제18대 총회장에 선출되어 현재까지 교단을 이끌고 있다. 현재 대한예수교복음교회는 10개 지방회(국내 6, 해외 4)에 총 130개 교회(국내 90, 해외 40)가 하나님 나라 확장을 위해 노력하고 있으며, 2020년 교단설립 50주년을 맞아 희년축제를 열기로 하고 총회성회, 희년음악회, 한반도회복세미나, 학술대회, 선교대회 등을 기획하여 한국포스퀘어교회 희년축제을 위해 기대하며 준비하고 있다.