1966년 학교법인 대성학원 이사장 김신옥 목사가 신학 연구차 미국으로 유학하여 수학하던 중 1969년 5월 10일. 국제포스퀘어교회 총회장 롤프 맥퍼슨(Rolf K. McPherson)박사와 해외선교 총무 렐란드 에드워드(Leland B. Edwards) 박사에게 청소년선교를 위해 선교사 파송을 요청하였고,

1969년 9월 2일 필리핀에서 사역 중이던 탐슨 선교사 부부(Arthur & Evelyn Thompson)를 한국 감독으로 파송하였다. 탐슨 선교사 부부는 대성학원 산하의 6개 중,고등학교 학생들을 대상으로 선교사역을 시작하였고 1970년 3월 대전시 중구 선화동 339-59번지에서 성인예배를 시작하였다.

1970년 7월 30일 김신옥 목사가 미국 유학을 마치고 귀국하였고, 1971년 3월 16일 대전시 중구 용두동 143-4번지 등 대지 2,000평을 매입하였고, 1971년 4월 5일 천막교회(대전복음교회)를 설립하였으며, 1971년 10월 18일 재단법인 대한예수교 복음선교회를 설립허가 신청하여 1972년 2월 1일 문화공보부 장관으로부터 재단법인 대한예수교 복음선교회 (The Church of the Foursquare Gospel in Korea) 설립허가를 받았다. (문공부허가 제237호, 종무 1-75).

1972년 3월 대전시 중구 용두동 143-4번지에 대한복음신학교를 설립하여 신학생 양성을 시작하였고, 1972년 9월 10일 대전복음교회 1층 248평을 완공하게 되었으며, 1972년 11월 5일 탐슨 선교사 부부가 본부로 귀국하고, 일본의 감독이었던 멧첼(Harold A. Muetzel) 선교사가 대한예수교 복음선교회 제2대 감독으로(겸직) 부임하였다. 1973년 4월 1일에 김신옥 목사가 대전복음교회 담임목사로 취임하였고, 1973년 7월 17일 마이어스(Meryers) 선교사 부부가 협동 선교사로 부임하였다.

1976년 1월 11일 대한복음신학교 1회 졸업생들에 의해서 수정복음교회 (대전시 서구 도마동)와 중앙복음교회(서울 강남구 삼성동)가 창립되었다. 1978년 2월 5일 멧첼 선교사 부부가 본부로 귀국하고 1978년 5월 6일 콘래드(Helen Pat Conrad)가 협동선교사 부임하였으며, 1978년 7월 14일 마이어스 선교사가 제3대 감독으로 취임하였다. 1978년 3월에 서울 지역 신학생 양성을 위해서 서울 중앙복음교회 내에 대한복음신학교 서울 분교를 설립하였다.

1984년 5월 28일-30일까지 대전복음교회에서 제1차 연차총회를 개최하여 교단 헌법을 제정하고 대한예수교복음선교회 총회를 구성하였으며, 1985년 5월 6일-8일 제2차 연차총회에서 총회 정치제도를 감독제에서 총회장 제도로 바꾸기로 헌법을 개정하여 김신옥 목사를 제1대 총회장에 선출하였으며, 1987년 6월 8일-10일 제4차 연차총회에서 김신옥 목사가 2대 총회장으로 연임되었다. 1989년 7월 10일-12일 제6차 연차총회에서 최부영 목사(동대전복음교회)가 제3대 총회장에 선출되었고, 1991년 6월 3일-5일 제8차 연차총회에서 최부영 목사가 제4대 총회장으로 연임되었으며, 1993년 5월 31일- 6월 2일 제10차 연차총회에서 오창도 목사(중앙복음교회)가 5대 총회장에 선출되었고, 1995년 6월 12일-14일 제12차 연차총회에서 오창도 목사가 제6대 총회장에 연임되었다.

1996년 10월 26일 학교법인 복음신학원 설립허가(교육부 제81421-380호)를 받았고, 1997년 12월 5일 복음신학대학원대학교 설립 허가(대학 제81411-1464호)를 받아 1998년 3월 복음신학대학원대학교를 개교하게 되었다. 이제까지 무인가 신학에서 교육부 인가를 받아 정식 대학원대학교를 설립함으로 목회자 양성에 박차를 가하게 되었다.

1997년 5월 13일-15일 제14차 연차총회에서 이창우 목사(수정복음교회)를 제7대 총회장에 선출하였으며, 1997년 10월 14일 특별총회를 개최하여 교단 명칭을 “대한예수교복음선교회”에서 “대한예수교복음교회”로 개명하였으며, 1997년 12월 23일 문화체육부로부터 명칭 변경에 따른 정관변경 허가를 받았다. (문화체육부 종무 86210-1095).

1998년 9월 22일-25일. 제18차 세계오순절 서울대회의 준비교단으로 참여하였으며, 1999년 10월 11일-13일 제16차 연차총회에서 이창우 목사가 제8대 총회장에 연임되었다. 2001년 10월 15일-17일 제18차 연차총회에서 임재군 목사(영광복음교회)를 제9대 총회장으로 선출하였고, 2003년 10월 20일-22일 제20차 연차총회에서 임재군 목사가 제10대 총회장에 연임되었다. 2005년 9월 12일-14일 제22차 연차총회에서 최충규 목사를 제11대 총회장으로 선출하였다. 2007년 9월 17일-19일 제24차 연차총회에서 이창우 목사를 제12대 총회장으로 선출하였다. 2009년 9월 21일-23일 제26차 정기총회에서 이창우 목사가 제13대 총회장에 연임되었다. 동년 12월 16일 교단창립 40주년 기념사업의 일환으로 대전시 서구 탄방동 634 주안에쉐르 204호에 총회본부를 마련하고 이전하였다. 2010년 9월 26일~28일 제27차 정기총회를 교단창립 40주년기념대회로 개최하였다. 2011년 9월 26일~27일 제28차 정기총회에서 안영권 목사(대전복음교회)를 제14대 총회장으로 선출하였다.

2013년 4월 15일부터 18일까지 제주도에서 “제1회 북아시아 복음가족대회”를 개최하였다. 국제포스퀘어교회 총회장 글렌 베리스(Glenn Burris), 선교담당 부총회장 짐 스캇(Jim Scott) 및 세계적인 리더십 강사 다니엘 브라운(Daniel A. Brown) 박사가 초청되었고, 한국을 비롯하여 일본, 중국, 대만, 홍콩, 몽골 지역의 200여 명의 목회자가 참석하였다. 2013년 9월 30일-10월 1일 제30차 정기총회에서 안영권 목사가 제15대 총회장에 연임되어 교회의 부흥과 교단의 발전을 위하여 교회 개척을 지원하고, 목회자 가족 수련회와 예배인도자 학교 등을 확대 실시하여 목회자 가족의 자긍심을 높이고 교회마다 예배의 부흥을 경험하도록 지원하였다.

2015년 10월 12일~13일 제32차 정기총회에서 임춘수 목사가 제16대 총회장에 선출되었고, 교단의 화합과 발전을 위해 노력하여 청주와 세종지역 교회로 구성된 충청지방회가 신설되었다. 2017년 9월 18일~19일 제34차 정기총회에서 임춘수 목사가 제17대 총회장에 연임되었다. 2019년 9월 30일~10월 1일 제36차 정기총회에서 정인석 목사가 제18대 총회장에 선출되어 현재까지 교단을 이끌고 있다. 현재 대한예수교복음교회는 10개 지방회(국내 6개, 해외 4개)에 총 130개 교회(국내 90개, 해외 40개)가 하나님 나라 확장을 위해 노력하고 있으며, 2020년 교단설립 50주년을 맞아 희년축제를 열기로 하고 총회성회, 희년음악회, 한반도회복세미나, 학술대회, 선교대회 등을 기획하여 “한국포스퀘어교회 희년축제”을 위해 기대하며 준비하고 있다.